Программное обеспечение (ПО) АРМ-К подразделяется на системное и специальное.
К системному ПО относятся: операционная система (ОС), базовое программное обеспечение, сетевое программное обеспечение, а также программы тестирования, настройки и защиты.
Специальное ПО состоит из программного продукта, обеспечивающего функционирование проектирующих автоматизированных процедур.
В средних АРМ-К нашли применение ОС MS-DOS, UNIX, а также командные оболочки Windows-95, Windows-NT. К базовому ПО относятся системы программирования, СУБД, текстовые и графические редакторы общего назначения. Сетевое ПО обеспечивает работу сети. Программы тестирования обеспечивают проверку технического состояния аппаратов АРМ и физическую и логическую целостность ПО. Защита ПО строится в нескольких аспектах: во-первых, в создании системы допуска пользователей к тем или иным видам информации с помощью паролей, во-вторых, в постоянной проверке внешней входящей информации на заражённость компьютерными вирусами.