Расходы на НИОКР учитывайте по правилам той системы налогообложения, в деятельности которой будут использоваться результаты разработок.
Если результаты проводимых НИОКР будут использоваться в обоих видах деятельности организации, то расходы на проведение таких работ нужно распределить (п. 9 ст. 274, п. 7 ст. 346.26 НК РФ). Это связано с тем, что при расчете налога на прибыль расходы, относящиеся к деятельности организации на ЕНВД, учитывать нельзя. Такая ситуация может возникнуть, например, если проводятся работы по усовершенствованию продукта, который будет реализовываться как через оптовую, так и через розничную торговлю. Стоимость НИОКР, относящихся только к одному виду деятельности, распределять не нужно.