Количество методов системного анализа достаточно велико, поэтому решение проблемы их классификации является субъективным и не имеет пока четкого общепризнанного разделения. Это объясняется тем, что при системном анализе исследователь в праве выбирать те методы формального описания сложного объекта, которые отвечают реализации главной цели с учетом основополагающих принципов системного анализа. К таким принципам относятся:
- Целесообразность как соответствие методов решения задач исследования целям системного анализа;
- Оптимальность как основа для формулирования критериев выбора наилучшего варианта сочетания методов, позволяющих получить практические результаты;
- Системность как основа реализации целостного подхода в исследовании сложного комплексного объекта;
- Иерархии как проявление закона порядка и отношения уровней применения методов в соответствии с целями решаемых задач исследования;
- Интеграции как основа изучения свойств и закономерностей функционирования в специфики организации единого целого объекта исследования, с учетом сочетания получаемых результатов;
- Формализации как основа наиболее адекватного способа описания, исследуемого объекта системой методов.