Классификация затрат и расчет себестоимости судоремонта осуществляется как и на других промышленных предприятиях. Особенностью расчета является то, что судоремонтное производство характеризуется большим многообразием работ и трудоемкостью, в связи с чем оно не имеет натуральных единиц измерения и отличается большими колебаниями уровня затрат даже в пределах одной категории ремонта.
Себестоимость судоремонта рассчитывается как по всему объему работ, так и по каждому судну на основе сметь затрат на производство. Затраты на ремонт отдельных судов рассчитываются как сумма стоимости ремонтов отдельных узлов и механизмов.
На судоремонтных предприятиях применяются три вида калькуляции: сметная, плановая, отчетная.