Паліндромні тетра- та гексануклеотидні сайти впізнавання та розщеплення рестриктазами

6 7 8 9 10 11 12

AATT

ACGT

AGCT

ATAT

CATG

CCGG

CGCG

CTAG

GATC

GCGC

GGCC

GTAC

TATA

TCGA

TGCA

TTAA

▼ □ □ □ □

Mbo I

▼ □ □ □ □

Hpa II

Sci NI

Tog I

▼ □ □ □ □

Alv I

Fnu DII

Dpn I

Hae III

Rsa I

▼ □ □ □ □

Hha I

▼ □ □ □ □

▼ А □ □ □ □ T

Hind III

Aft III

Mlu I Aft III

Bgl II Xho II

▼ А □ □ □ □ T

Cla II

▼ А □ □ □ □ T

Stu I Hoe I

Sca I

▼ А □ □ □ □ T

Nsp CI

Hoe II

▼ C □ □ □ □ G

Nco I

Xma I Ava I

Avr II

Xma III Gdi II Сfr I

Xho I Ava I

Af III

▼ C □ □ □ □ G

Nde I

▼ C □ □ □ □ G

Pvu II Nsp BII

Sma I

Nsp BII

▼ C □ □ □ □ G

Sac II

Pvu I

Таблиця 4 (продовження)

AATT

ACGT

AGCT

ATAT

CATG

CCGG

CGCG

CTAG

GATC

GCGC

GGCC

GTAC

TATA

TCGA

TGCA

TTAA

▼ G □ □ □ □ C

Eco RI

Bse PI

Bam HI Xho II

Hgi CI

Sal I

▼ G □ □ □ □ C

Aha II Acy I

Nar I Aha II Acy I

Acc I

▼ G □ □ □ □ C

Eco RV

Nae I

Hind II

Hpa I Hind II

▼ G □ □ □ □ C

Aat II

Sac I Hgi AI Hgi JII

Nsp CI Sph I

Bde I Hae II

Apa I Hgi JII

Kpn I

Hgi AI

▼ T □ □ □ □ A

Xba I

Bcl I

Cfr I

▼ T □ □ □ □ A

Asu II

▼ T □ □ □ □ A

Nru I

Mst I

Bal I Hae I

Aha III

▼ T □ □ □ □ A

Примітка. Послідовності у верхньому рядку кожної колонки приведені, як прийнято, у напрямку 5′→ 3′. Порожні квадратики в лівій частині кожного рядка позначають позиції нуклеотидів у послідовностях, приведених у першому рядку. Ферменти, назви яких виділені жирним шрифтом, впізнають тільки одну послідовність; ферменти, назви яких надруковані світлим шрифтом, впізнають декілька послідовностей.

Таблиця 5

Паліндромні пентануклеотдні сайти.

AA□TT

AC□GT

AG□CT

AT□AT

CA□TG

CC□GG

CG□CG

CT□AG

GA□TC

GC□GC

GG□CC

GT□AC

TA□TA

TC□GA

TG□CA

TT□AA

▼ □ □ N □ □

Dde I

Hinf I

Asu I

▼ □ □ N □ □

Scr FI

Fnu 4HI

▼ □ □ N □ □

▼ A □ □ T □ □

Eco RII

▼ A □ □ T □ □

Ava II

▼A □ □ T □ □

Bst NI

A▼ □ □ T □ □

A ▼ □ □ T □ □

A ▼ □ □ N □ □

▼ G □ □ C □ □

▼G □ □ C □ □

Ncl I

G▼ □ □ C □ □

G ▼ □ □ C □ □

Таблиця 6

Ферменти з багатьма сайтами розпізнавання.

Acc I Acy I Aft III Aha I Ara I Cfr I

GT↓AGAC GT↓ATAC GT↓CGAC GT↓CTAC GA↓CGCC GA↓CGTC GG↓CGCC GG↓CGTC A↓CATGT A↓CGTGT A↓CACGT A↓CGCGT GG↓CGCC GG↓CGTC GA↓CGCC GA↓CGTC C↓CCGAG C↓CCGGG C↓TCGAG C↓TCGGG C↓GGCCG C↓GGCCA

Gdi II Hae I Hae II Hgi AI Hgi CI Hgi JII

T↓GGCCG T↓GGCCA C↓GGCCG T↓GGCCG AGG↓CCA AGG↓CCT TGG↓CCA TGG↓CCT AGCGC↓C AGCGC↓T GGCGC↓C GGCGC↓T GAGCA↓C GAGCT↓C GTGCA↓C GTGCT↓C G↓GCACC G↓GCGCC G↓GTACC G↓GTGCC GAGCC↓C

Hin dII Nsp BII Nsp CI Xho II

GAGCT↓C GGGCC↓C GGGCT↓C GTC↓AAC GTC↓GAC GTT↓AAC GTT↓GAC CAG↓CTG CCG↓CTG CCG↓CGG CAG↓CGG ACATG↓C ACATG↓T GCATG↓C GCATG↓T A↓GATCC A↓GATCT G↓GATCC G↓GATCT

Ферменти, для яких положення сайта розщеплення невідомо:

AvaIII ATGCAT

Eco DXI ATCA(N), ATTC

Hgi EII ACCNNNNNNGCT

Hin fIII CGAAT(25)*

G C

Sdu I G(A)GC(A)C

T T

Sna I GTATAC

* Число 25 означає, що розщеплення відбувається приблизно на відстані 25 нуклеотидів від сайта розпізнавання в 3′-напрямку.

Ферменти, які розпізнають розірвані паліндроми:

Bgl I GCCNNNN↓NGGC