Диспергированные повторяющиеся последовательности ДНК не организованы в крупные блоки, а рассеяны по геному. Повторы этого типа, называемые умеренно повторяющимися последовательностями (MERs - medium reiterated frequency repeats), разделяют на два класса: SINE (short interspersed elements) - короткие и LINE (long interspersed elements) - длинные диспергированные элементы.
Хорошо изученными повторами класса SINE в геноме человека и некоторых приматов являются так называемые Alu-повторы
Хотя LINE-последовательности заключают в себе гены обратных транскриптаз, что является признаком ретротранспозонов (мобильных генетических элементов животных, обладающих структурным сходством с геномом ретровирусов), для них характерно отсутствие последовательностей длинных концевых повторов (LTR - long terminal repeats), типичных для ретротранспозонов. В качестве примера LINE-последовательности можно упомянуть LINE-1-повтор, широко распространенный в геноме животных.