Пустырник – многолетнее травянистое волосистое растение с деревянистым корневищем, от которого отходят многочисленные придаточные корни. Стебель четырехгранный, прямостоячий, высотой 50-150 (200) см. Все растение слабо опущено, листья рассеченнораздельные (нижние) и трехлопастные (верхние). Цветки розовые, собраны на верхушке стебля полумутовками в пазухах верхних листьев, образуя, особенно перед цветением, колосовидное, а при цветении – прерывистое соцветие. Цветы мелкие, но хорошие медоносы. Плод состоит из четырех орешков, сидящих на дне неопадающей колючей чашечки. После цветения очень колючими становятся и прицветники.