Ход Ливонской войны можно разделить на три основных этапа

Первый этап длился с 1558 по 1561 гг. В этот период русские войска одержали значительные победы — в первый же год войны захватили города Нарва и Дерпт, в нескольких сражениях разгромили войска Ордена и в 1560 г. захватили в плен бывшего магистра. К 1561 г. Ливонский Орден прекратил свое существование.

Второй этап продолжался с 1561 по 1578 гг. Распад Ливонского Ордена привел не к окончательной победе России в войне, а к вмешательству в нее Швеции, Польши и Великого княжества Литовского, претендовавших на те же территории, что и Россия, и серьезно обеспокоенных энергичным вмешательством Московского государства в европейские дела. Военные действия на этом этапе шли с переменным успехом. В 1563 г. русские войска захватили крупную литовскую крепость Полоцк, открыв себе путь на столицу Великого княжества Литовского — Вильно. Но уже в следующем году русская армия потерпела ряд поражений. Ситуация усугублялась тем, что, опасаясь царского гнева, в Литву перебежали несколько воевод, в том числе и близкий друг Ивана IV князь А. М. Курбский. В 1569 г. угроза российской экспансии заставила Польшу и Великое княжество Литовское принять решение об окончательном объединении. Они заключили Люблинскую унию, по условиям которой было образовано единое польско-литовское государство Речь Посполитая. Только смерть в 1572 г. короля Сигизмунда II и наступивший период «бескоролевья» дали русским войскам в Ливонии и Литве определенную передышку и возможность одержать последние победы.

К третьему этапу войны относятся события 1579 — 1583 гг. Этот период характеризуется рядом крупных поражений русской армии и переходом от наступления к обороне. В 1579 г. новый польский король Стефан Баторий отбил захваченный русскими войсками в 1563 г. Полоцк, а с 1580 г. военные действия велись уже на территории России. В сентябре 1580 г. польская армия захватила Великие Луки. Летом 1581 г. Стефан Баторий начал осаду Пскова. Осенью этого же года шведы захватили все русские крепости на Балтийском побережье (Нарву, Ивангород, Ям, Копорье). Только героическое сопротивление защитников Пскова под руководством князя Ивана Петровича Шуйского, которые выдержали трехмесячную осаду в три раза превосходившего их противника и не сдали город, заставило Стефана Батория согласиться на мирные переговоры.

В январе 1582 г. Россия и Речь Посполитая подписали Ям-Запольское перемирие на 10 лет, по условиям которого польско-литовское государство получало большую часть Ливонии и возвращало России захваченные территории (за исключением Полоцка).

В августе 1583 г. было подписано Плюсское перемирие на три года между Россией и Швецией. Швеция не только получала северную часть Ливонии, но и оставляла за собой захваченные русские города и Карелию, оставив России в качестве выхода к Балтийскому морю только болотистые и пустынные острова в устье Невы.