Підприємства, установи, організації та громадяни зобов'язані відшкодовувати шкоду, заподіяну ними внаслідок порушення законодавства про охорону навколишнього природного середовища, у порядку та розмірах, встановлених законодавством України (частина 3 статті 68 ЗУ про охорону навколишнього природного середовища").
За загальним правилом застосування до винних осіб кримінальної або адміністративної відповідальності не звільняє їх від відшкодування шкоди, завданої порушенням законодавства про охорону навколишнього природного середовища. Ця шкода характеризується як загальними ознаками "шкоди", так і особливими, які властиві лише екологічній шкоді. Загальне визначення шкоди зводиться до віднесення до неї будь-якого знецінення, погіршення, зменшення, знищення блага, що охороняється законом, або ж до розуміння її як несприятливих наслідків, що виникають у результаті порушення майнових або особистих немайнових прав потерпілого. Відповідно до цього визначається й екологічна шкода як сукупність негативних змін у якості та структурі навколишнього природного середовища, або його окремих елементів: псування, знищення, руйнування об'єктів природи, порушення екологічних зв'язків і систем, загальне погіршення стану природного середовища тощо.
Одним із найбільш дискусійних є питання про структуру екологічної шкоди. Так, на думку В.Л. Мунтяна, шкода, заподіяна природним об'єктам, поділяється на дві самостійні частини. Перша складається з вартості матеріально-грошових затрат на природоохоронні заходи на відновлення порушеного стану природи. Друга частина шкоди включає втрати в природному середовищі, що стали результатом виключення життєво важливих функцій окремих його елементів або комплексів. Такі втрати, будучи не відновлювальними, відносно невідновлювальними або важко відновлювальними, не мають грошової оцінки.
Як зазначає В.Л. Мунтян, ця шкода дістала назву екологічної на відміну від економічної, яка може бути виражена в грошовій оцінці.
Розвиваючи зазначену концепцію, В.В. Петров також вважав, що шкода, заподіяна порушенням екологічного законодавства, поділяється на економічну й екологічну. Економічна виявляється в загибелі, пошкодженні, знищенні матеріальних цінностей, у неотриманні доходів від використання природного об'єкта, а екологічна - у виснаженні природного середовища, порушенні його екологічних зв'язків. На думку В.В. Петрова, на відміну від економічної шкоди, що виявляється у вартості втрат матеріальних цінностей і передбачуваних доходів, екологічна шкода являє собою складне структурне утворення, що має дві самостійні частини: вартість матеріально-грошових витрат, що використовувалися на охорону природного об'єкта, якому заподіяна шкода, витрат на відновлення порушеного стану природного середовища тощо; вартість екологічних втрат природного середовища, що виникли внаслідок повного чи часткового відключення виконуваної нею життєзабезпечуючих функцій. Такі втрати поділяються на відновлювальні в результаті господарської діяльності, відносно відновлювальні, коли відновлення природних об'єктів пов'язане з тривалими строками (відновлення лісової рослинності), невідновлювальні. Удосконалюючи цю концепцію, Е.М. Жевлаков виділяв "шкоду екологічну та шкоду антропологічну, а також; економічну шкоду, що заподіюється матеріальним інтересам природокористувачів".
Свій погляд на зазначене питання має С.В. Гавриш. При його розгляді він робить акцент на наслідках шкоди - поєднує у собі різні види збитків - природі, людині, економічним структурам. Відповідно до цього виділяється збиток біологічний (збиток екосистем, природному середовищу), який є первинним, а також особистий збиток (збиток життю і здоров'ю людини), економічний збиток (матеріальній сфері життя людей).
По суті, усі зазначені оцінки шкоди, що заподіюється навколишньому природному середовищу, відрізняються між; собою головним чином ступенем диференціації наслідків цієї шкоди. При цьому всі вони збігаються у тому, що оцінка даного роду шкоди має бути комплексною, ураховувати всі аспекти її впливу на стан довкілля, людину безпосередньо, матеріальні інтереси природокористувачів.
З огляду на зазначене можна виділити наступні ключові моменти оцінки та відшкодування шкоди, що заподіюється порушеннями екологічного законодавства.
Найбільш значущими є екологічні наслідки шкоди, що завдається навколишньому природному середовищу. Наприклад, знищення чи пошкодження лісових культур на значних площах лісу негативно впливає на лісові екосистеми, на виконання лісами клімато-регулюючих, водоохоронних та інших функцій. Унаслідок цього можуть погіршуватися екологічні умови життєдіяльності людини, погіршуватися стан інших об'єктів природи.
Відшкодуванню підлягає лише та шкода, що піддається обрахуванню та вираженню або в натуральних або у вартісних показниках. Відшкодування шкоди має здійснюватися шляхом відшкодування її в натурі або відшкодування збитків у повному обсязі (частина 1 статті 1192 Цивільного кодексу України).
Відшкодування в натурі шкоди полягає в тому, що винна особа зобов'язана своїми силами й засобами усунути негативні наслідки заподіяної шкоди (здійснити лісонасадження, рекультивацію землі тощо). Проте покладання на правопорушника обов'язку щодо відшкодування шкоди в натурі можливо лише в тому випадку, коли він має відповідну кваліфікацію, досвід, матеріально-технічну базу для здійснення відповідних природно-відновлювальних робіт, або ж зазначені умови не мають значення в тих чи інших випадках (наприклад, при відновленні лісогосподарських знаків).
Якщо правопорушника не можна зобов'язати відшкодувати шкоду в натурі, то на нього покладається відшкодування збитків у повному обсязі (компенсація збитків). При обрахуванні обсягу відшкодування слід ураховувати: невикористані витрати матеріальних засобів і праці, що раніше вкладені у природний об'єкт (земельну ділянку, ліс, водний об'єкт), витрати на відтворення природних ресурсів (риб, лісу, джерел водопостачання тощо), а також не отримані природо-користувачами доходи.