В виде исключения из принципа судебной защиты гражданских прав закон допускает защиту прав предпринимателя в административном порядке. Защита в административном порядке предполагает обжалование какого-либо решения или действия должностных лиц государственных органов по подчиненности в вышестоящий орган. Этот способ защиты и восстановления нарушенных прав доступен всем и не регламентирован какой-либо процессуальной процедурой (за исключением обжалования судебных актов, а также актов правоохранительных органов).
Для обеспечения защиты прав и законных интересов предпринимателей большое практическое значение имеет прокурорский надзор за исполнением действующих на территории РФ законов. Прокурорским надзором охватывается как деятельность коммерческих организаций и индивидуальных предпринимателей, так и акты представительных и исполнительных органов государства, принимаемые по вопросам предпринимательства.
Правовыми инструментами осуществления надзорных функций прокуратуры являются:
1) протест прокурора, который приносится на противоречащий закону правовой акт в орган или должностному лицу, издавшие этот акт;
2) представление об устранении нарушений, закона, которое вносится в орган или должностному лицу, имеющему полномочия по устранению допущенных нарушений;
3) участие в рассмотрении дел судами.