Менее заметными, но никак не менее важными были изменения в деятельности партийного аппарата и организации деятельности номенклатуры. В условиях однопартийной системы и господства коммунистической партии, отсутствия действительного, а не формального принципа разделения властей провести четкую грань между партийным и государственным аппаратом весьма непросто, так как по существу партия являлась всеохватывающим организмом, использовавшим государственные органы в качестве инструмента собственной власти.
Важнейшие вопросы в сфере экономики страны в послевоенный период, так же как и в других областях жизни советского общества, оформлялись в виде протокольных решений Политбюро. Их управленческое воздействие — цели и задачи, состав исполнителей и сроки полномочия ответственных лиц - находило отражение в проектах постановлений ЦК партии или Совета Министров СССР, а нередко в проектах совместных постановлений обоих органов, представленных на утверждение Политбюро. В особых случаях для решения приоритетных экономических проблем (например, ленд-лиза, зарубежных кредитов, денежной реформы, репараций из Германии и др.) создавались специальные комиссии Политбюро под председательством одного из его членов с привлечением в состав комиссии представителей всех заинтересованных органов и организаций. Комиссия готовила предложения, которые после одобрения их Политбюро опросом или единолично Сталиным оформлялись в виде директив ЦК или в форме все тех же постановлений ЦК или Совета Министров СССР.
Независимо от того, в каком виде (партийной директивы или правительственного постановления) доводилось решение Политбюро до исполнителей, оно олицетворяло партийную монополию на управление и тотальный контроль партии за выполнением всех государственных решений. Будучи абсолютной властью по отношению ко всем управленческим структурам Советского государства, сама партия не несла никакой ответственности перед обществом за правильность и эффективность принимаемых ею управленческих решений. Это делало неизбывным конфликт власти и общества.
К концу 1946 г. сеть местных партийных органов состояла из 15 ЦК Компартий союзных республик, 161 крайкома и обкома, 24 окружкомов, 507 горкомов, 531 городского и 4214 сельских райкомов. Именно на этих профессиональных кадрах лежала главная ответственность за проведение государственных решений и партийных директив на местах. Важным средством контроля за верхушкой аппарата стало положение, внесенное в Устав КПСС на XIX съезде партии о том, что критика и самокритика рассматривается не как право члена партии, а как его «прямая обязанность». Еще в декабре 1949 г. Политбюро, проверив деятельность секретаря МК и МГК ВКП(б) Г.М. Попова, констатировало, что он «не обеспечивает развертывания критики и самокритики в Московской партийной организации... пренебрежительно относится к идущей снизу критике». Это стало одним из поводов его скорой отставки.
В августе 1946 г. произошло преобразование оргинструкторского отдела ЦК ВКП(б) в Управление по проверке партийных органов с одновременным созданием группы инспекторов ЦК. Деятельность уполномоченных Комиссии партийного контроля (КПК) при ЦК ВКП(б) в республиках, краях и областях прекращалась.
Существенно изменилась структура аппарата ЦК партии: после упразднения производственно-отраслевых отделов в нем осталось два управления (кадров, агитации и пропаганды) и два отдела (оргинструкторский, внешней политики). По мнению отдельных историков, подобное решение было связано с особенностями советской управленческой системы: с одной стороны, партийная элита понимала, что увязает в хозяйственных делах и тем самым теряет свои политические функции, а, с другой — отказ от непосредственного участия в экономике угрожал ей утратой реальной власти, поскольку именно государственные структуры в лице министерств, ведомств и госкомитетов контролировали и распоряжались главными материальными, финансовыми и людскими ресурсами страны.
В июле 1948 г. структура аппарата ЦК ВКП(б) была вновь реорганизована: воссоздавались производственно-отраслевые отделы, а внутри них — сектора. Действовали следующие отделы: пропаганды и агитации; партийных, профсоюзных и комсомольских органов; внешних сношений; тяжелой промышленности; легкой промышленности; машиностроения; транспортный; сельскохозяйственный; административный; планово-финансово-торговый отделы. Общее руководство отделами осуществляли секретари ЦК КПСС А.А. Жданов, Г.М. Маленков, М.А. Суслов, А.А. Кузнецов, П.К. Пономаренко. В последующие годы структура аппарата ЦК все время разветвлялась и росла.
На XIX съезде партии (октябрь 1952 г.) Политбюро было преобразовано в Президиум ЦК, состав которого был значительно расширен (25 членов и 11 кандидатов). Из членов Президиума было выделено Бюро, в которое вошли Л.П. Берия, Н.А. Булганин, К.Е. Ворошилов, Л.М. Каганович, Г.М. Маленков, М.Г. Первухин, М.З. Сабуров, И.В. Сталин, Н.С. Хрущев. Состав Секретариата ЦК был расширен до 10 человек (А.Б.Аристов, Л.И. Брежнев, Н.Г Игнатов, Г.М. Маленков, Н.А. Михайлов, Н.И. Пегов, П.К. Пономаренко, И.В. Сталин, М.А. Суслов, Н.С. Хрущев). Оргбюро упразднялось.
Изменения в составе политического руководства страны отразили промежуточные итоги борьбы за власть между различными группировками; расширение состава высших партийных органов за счет прихода сравнительно новых для аппарата ЦК людей ослабляло позиции старой «сталинской гвардии» (прежде всего В.М. Молотова и А.И. Микояна) и играло на руку стареющему вождю.