Инструмент манипуляции

Для манипуляции отдельным фрагментом надо выделить его инструментом, описанным выше, задать настройки в поле настройки инструмента манипуляции, и нажать «Apply» (Рисунок 10). Если не выделять часть молекулы то эффект сработает на всю молекулу. Также перемещение может производиться, если нажать на выделенную часть левой кнопкой мыши.

Если нажать правой кнопкой мыши на атом, то произойдет вращение выделенной части вокруг него. Инструмент манипуляции автоматически выбирается при вставке фрагмента.Это позволяет вращать фрагмент в нужное положение.

Рисунок 10 – Инструмент манипуляции

Инструмент автоматического вращения

Инструмент автоматического вращения позволяет непрерывно вращать молекулу. Чтобы повернуть молекулу, скорректируйте масштаб вращения x, y и z по желанию. Затем выберите «Start» (Рисунок 9). Вы также можете зажать левую кнопку мыши на поле рисования и передвинуть мышку в нужное Вам направление. Нажатие на «Reset» обнуляет масштабы вращения и останавливает вращение.

Рисунок 11 – Инструмент автоматического вращения

Инструмент автоматической оптимизации

Инструмент автоматической оптимизации непрерывно оптимизирует молекулярную геометрию посредством молекулярной механики. Значение по умолчанию в поле «Steps per Update» равно 4. Это число может быть увеличено или уменьшено. Если у вас более медленный компьютер, попробуйте уменьшить это число. Молекулы будут повторно опрокидываться до тех пор, пока dE = 0 или не будет нажата кнопка «Стоп». Е - тепловой эффект образования 1 моля вещества.

Рисунок 12 – Инструмент автоматической оптимизации