2018-02-13
528
Построение пептида.
Программный пакет Avogadro позволяет пользователю моделировать вещества, молекулы которых построены из двух и более остатков аминокислот, соединённых в цепь пептидными связями ―С(O)NH―.
Для этого в меню «Build» нужно выбрать пункт«Insert», а в нем —«Peptide». После проделанных шагов откроется окно «InsertPeptide».
Рисунок 1– Окно InsertPeptide
В этом окне вы можете выбирать аминокислоты для вставки в пептид. Когда вы нажимаете на определенную аминокислоту, она будет добавлена в «Sequence» справа. Пептид будет расти в виде последовательности, начиная с N-конца. Так же в этом поле можно настроить проекцию пептида.Нажмите «InsertPeptide», чтобы вставить последовательность в поле для рисования. Новый пептид будет создан автоматически, и инструмент манипуляции позволит вам перевести и повернуть цепочку в нужное положение.
Поскольку новый пептид может быть большим, его можно отцентровать:
· вкладка в меню «View»,
· пункт «Center».
Задание
Построить молекулу пептида(по вариантам). Оптимизировать геометрию. Отцентровать всю конструкцию.
Пример:
Пептид: аланиласпарагин.
Структура: прямая цепочка.
Аланиласпарагин состоит из следующих аминокислот:
Ala-аланил (
)и Asn-аспарагин (
).
1. Построение самого пептида.
2. Оптимизация геометрии.
Обратите внимание. что в этом случае Е=130,287 кДж/моль.
3. Центрование.
Варианты
| Вариант | 1 | 2 | 3 |
| 1 | глицинфенилаланин | глициналанилвалин | треонилфенилаланилтирозин |
| 2 | ацетилаланин | глицинцистеинвалин | глутатион |
| 3 | глицилаланин | глицилаланилтирозин | глицинцистеинвалин |
| 4 | аланилсерин | глутаминцистеинглицин | глициналанилвалин |
| 5 | сериналанил | глутатион | аспарагенилглицилфенилаланил |
| 6 | дипептид аланила | треонилфенилаланилтирозин | глицинвалинпролин |
| 7 | дипептид сенина | аспарагенилглицилфенилаланил | глутаминцистеинглицин |
| 8 | аланилглутамин | глицинвалинпролин | глицинвалинпролин |
| 9 | дипептид сенина | глицилаланилтирозин | глицинцистеинвалин |
| 10 | глицинфенилаланин | аспарагенилглицилфенилаланил | глутаминцистеинглицин |
| 11 | глицилаланин | глутатион | глициналанилвалин |
| 12 | аланилглутамин | глицинцистеинвалин | треонилфенилаланилтирозин |
| 13 | дипептид аланила | глициналанилвалин | аспарагенилглицилфенилаланил |
| 14 | ацетилаланин | глутаминцистеинглицин | глутатион |
| 15 | сериналанил | треонилфенилаланилтирозин | глицилаланилтирозин |
