Построение пептида.
Программный пакет Avogadro позволяет пользователю моделировать вещества, молекулы которых построены из двух и более остатков аминокислот, соединённых в цепь пептидными связями ―С(O)NH―.
Для этого в меню «Build» нужно выбрать пункт«Insert», а в нем —«Peptide». После проделанных шагов откроется окно «InsertPeptide».
Рисунок 1– Окно InsertPeptide
В этом окне вы можете выбирать аминокислоты для вставки в пептид. Когда вы нажимаете на определенную аминокислоту, она будет добавлена в «Sequence» справа. Пептид будет расти в виде последовательности, начиная с N-конца. Так же в этом поле можно настроить проекцию пептида.Нажмите «InsertPeptide», чтобы вставить последовательность в поле для рисования. Новый пептид будет создан автоматически, и инструмент манипуляции позволит вам перевести и повернуть цепочку в нужное положение.
Поскольку новый пептид может быть большим, его можно отцентровать:
· вкладка в меню «View»,
· пункт «Center».
Задание
Построить молекулу пептида(по вариантам). Оптимизировать геометрию. Отцентровать всю конструкцию.
|
|
Пример:
Пептид: аланиласпарагин.
Структура: прямая цепочка.
Аланиласпарагин состоит из следующих аминокислот:
Ala-аланил ()и Asn-аспарагин ().
1. Построение самого пептида.
2. Оптимизация геометрии.
Обратите внимание. что в этом случае Е=130,287 кДж/моль.
3. Центрование.
Варианты
Вариант | 1 | 2 | 3 |
1 | глицинфенилаланин | глициналанилвалин | треонилфенилаланилтирозин |
2 | ацетилаланин | глицинцистеинвалин | глутатион |
3 | глицилаланин | глицилаланилтирозин | глицинцистеинвалин |
4 | аланилсерин | глутаминцистеинглицин | глициналанилвалин |
5 | сериналанил | глутатион | аспарагенилглицилфенилаланил |
6 | дипептид аланила | треонилфенилаланилтирозин | глицинвалинпролин |
7 | дипептид сенина | аспарагенилглицилфенилаланил | глутаминцистеинглицин |
8 | аланилглутамин | глицинвалинпролин | глицинвалинпролин |
9 | дипептид сенина | глицилаланилтирозин | глицинцистеинвалин |
10 | глицинфенилаланин | аспарагенилглицилфенилаланил | глутаминцистеинглицин |
11 | глицилаланин | глутатион | глициналанилвалин |
12 | аланилглутамин | глицинцистеинвалин | треонилфенилаланилтирозин |
13 | дипептид аланила | глициналанилвалин | аспарагенилглицилфенилаланил |
14 | ацетилаланин | глутаминцистеинглицин | глутатион |
15 | сериналанил | треонилфенилаланилтирозин | глицилаланилтирозин |