Блюститель Патриаршего Престола

Патриарший Местоблюститель был всецело во власти государя и не имел никакого авторитета. Во всех важных случаях он должен был советоваться с другими епископами, которых ему предлагалось попеременно вызывать в Москву. Результаты всех совещаний местоблюститель патриаршего престола (первым был митрополит Стефан Яворский) должен был представлять на утверждение государя. Это собрание очередных епископов из епархий называлось, как и прежде, Освященным собором. Этот Освященный собор в духовных делах, а боярин Мусин-Пушкин с его Монастырским приказом — в других, значительно ограничивали власть местоблюстителя патриаршего престола в управлении церковью. Мусин-Пушкин в качестве начальника Монастырского приказа всюду продвигается Петром, как какой-то помощник, товарищ, иногда чуть не начальник местоблюстителя патриаршего престола. Если в обязательном Освященном соборе из ежегодно созываемых по очереди архиереев при местоблюстителе можно видеть прообраз Святейшего Синода, то начальник Монастырского приказа выступает как предок синодского обер-прокурора.

Положение главы русского духовенства стало ещё тяжелее, когда с 1711 года вместо старой Боярской думы стал действовать Правительствующий Сенат. По указу об учреждении Сената все управления, как духовные, так и мирские, должны были повиноваться указам Сената как царским указам. Сенат сразу овладел и верховенство в духовном управлении. С 1711 года блюститель патриаршего престола не может без Сената поставить архиерея. Сенат самостоятельно строит церкви в завоеванных землях и сам приказывает псковскому владыке поставить туда священников. Сенат определяет игуменов и игумений в монастыри, в Сенат направляют свои просьбы о позволении поселиться в монастырь инвалиды-солдаты.

В 1714 году в Москве возникло дело о лекаре Тверитинове, обвинявшемся в приверженности к лютеранству. Дело пошло в Сенат, и Сенат оправдал лекаря. Митрополит Стефан рассмотрел тогда сочинения Тверитинова и нашёл его мнения безусловно еретическими. Снова поднялось дело и снова дошло до Сената. На разборе дела в Сенате присутствовал сначала и местоблюститель. Но Сенат снова высказался о невинности Тверитинова. Прения между сенаторами с местоблюстителем были очень упорны.

С 1715 года все центральные учреждения начали сосредотачиваться в Петербурге и разделяться на устроенные коллегиально ведомства. Конечно, Петру приходит мысль включить на тех же основаниях в механизм государственного управления и управление церковью. В 1718 году местоблюститель патриаршего престола, временно пребывавший в Петербурге, получает указ его величества — «жить ему в Петербурге постоянно и архиереям приезжать поочерёдно в Петербург же, против того, как в Москву приезжали». Это вызвало недовольство митрополита, на что Пётр ответил резко и сурово и впервые высказал мысль о создании Духовной коллегии.