К моменту прибытия в Россию Шлёцер был уже сложившимся ученым с широким кругозором и большой эрудицией. В самых видных университетских центрах, он прошел хорошую школу в результате общения с наиболее выдающимися в то время
специалистами в области как общественных, так и естественных наук:
ориенталистом Михаэлисом, историками И. Пюттером, И. Ире, статистиком Г. Ахенвалем, филологом X. Бюттнером, ботаником К. Линнеем, астрономом П. Варгентином, медиком И. Редерером и дp.
Во время пребывания в Петербурге предметом научных исследований Шлёцера, упорно изучавшего русский язык, постепенно все в большей мере становится история России. Вопрос о поездке на Восток отодвинулся на второй план. Шлёцер считал, что его прежняя научная деятельность обеспечила ему должную подготовку для работы в области новой специальности.
Составляя план своих занятий, представленный им в Академию
наук Шлёцер представил стройный проект разработки источников русской истории, исходя из достижений западноевропейской текстологии. Он говорит о необходимости троякого рода работ:
1) изучение отечественных памятников; 2) изучение иностранных памятников; 3) использование и тех и других источников для составления свода русской истории.
Понимая под отечественными памятниками прежде всего летописи. Шлёцер указывал, что последние, в свою очередь, нуждаются в обработке в трех направлениях, которые он обозначает терминами: 1) критическое изучение, именно — подбор списков, их сличение и выявление «чистого и верного текста»; 2) грамматическое изучение, т. е. прочтение текста и выяснение его смысла; 3) историческое изучение, т. е. сопоставление разных летописей с целью проверки разнородных сведений, в них содержащихся.
Далее Шлёцер поставил вопрос о подборе иностранных источников и их сравнении с русскими, с тем чтобы «точно определить случаи, где туземный летописец заслуживает больше вероятия, нежели иностранный, и наоборот».
Помимо этой большой источниковедческой работы, Шлёцер намеревался написать очерк русской истории от основания государства до пресечения Рюриковой династии по русским хроникам (но без сравнения их с иностранными писателями) с помощью трудов Татищева и Ломоносова.
Наконец Шлёцер выдвинул задачу написания популярных книг («доступных пониманию и неученых по профессии») по истории, географии и статистике. Эти книги были ориентированы на простых людей, и этот проект Шлёцер считал одним из главных.
Все эти предложения были весьма интересны и полезны и должны были содействовать как подъему науки, так и распространению научных знаний в России. В то же время Шлёцер при составлении своего плана вместо того чтобы оценить должным образом опыт и достижения своих предшественников в разработке русской истории, проявил излишнюю самоуверенность и стремление к монополии. Его реплика о намерении использовать труды Ломоносова, которая, как ему казалось, должна была польстить последнему, в действительности выглядела бестактноК плану Шлёцера Ломоносов отнёсся отрицательно. И дело было не только в его уязвленном самолюбии. Расценив самоуверенность Шлёцера как «бесстыдство», он потерял доверие к «молодому иностранцу, и не хотел видеть его автором «истории отечества, своего» ".
Между тем, Шлёцер в качестве образчика своих исследовательских разысканий в области Древнерусской истории представил в Академию наук «Опыт изучения русских древностей в свете известий греческих писателей». В этой работе Шлёцер сопоставил русскую летопись с византийской хроникой Кедрена, сделал ряд небезынтересных наблюдений и пришел к выводу, что в древнерусском языке имеются заимствования из греческого. Рукопись Шлёцера была одобрена академиками Г. Миллером и И. Фишером. Ломоносов же высказался против ее публикации, так как считал, что эта работа доказывает происхождение русского языка от греческого.
Еще больше возражений со стороны Ломоносова вызвала написанная Шлецером «Русская грамматика». Ломоносов настоял на прекращении печатания указанной работы после того как одиннадцать листов его уже были отпечатаны
«Погрешности» Ломоносов справедливо видел в очень натянутых неубедительных сопоставлениях русских и немецких слов, которые приводил Шлёцер, доказывая, что слово «дера» происходит от нередкого «Dieb»(Bоp) или нижнесаксонского «Tiffe» (сука), «князь» — «Knecht» (холоп) и т. д.
Шлёцер уловил слабое звено в цепи возражений, предъявленных Ломоносовым. В своей автобиографии он писал по этому поводу: предположим, что мое этимологическое сравнение было неправильно, но вовсе не было смешно и ни мало не позорно как для русского княжеского сословия, так и для высокого немецкого имперского дворянина. Шлёцер был огорчен тем, что замечания Ломоносова возбудили недовольство в русских дворянских кругах.
Оценивая исторически «Русскую грамматику» Шлёцера надо сказать, что она была рассчитана на иностранцев, причем, автор руководствовался очень благородной идеей — популяризировать русский язык среди тех, кто с ним незнаком.
Конечно, шлёцеровская грамматика значительно уступала по своим научным достоинствам грамматике, составленной Ломоносовым, выдающимся передовым представителем русской национальной науки, владевшим всем неисчерпаемым богатством и красотами родного для него языка. Для Шлёцера русская речь была речью иностранной, которой он овладел недавно. Поэтому в его «Русской грамматике» были ошибки, справедливо подвергнутые критике Ломоносовым.
Но было в труде Шлёцера и то, что отсутствовало в грамматике Ломоносова,— это большой материал из сравнительного языкознания. Шлёцер, изучивший значительное число языков, дал богатое собрание этимологических сближений, явившихся для своего времени совершенной новостью.
Помимо работ в области истории и языкознания, Шлёцер занимался также статистикой, которую рассматривал как историю современности. По договоренности с советником Академии наук И. А. Таубертом, который ему покровительствовал, Шлёцер составил образцы статистических таблиц для учета родившихся, вступивших в брак, умерших и т. д., а также выдвинул проект создания в Петербурге специальной Статистической конторы. Наконец, в статье под названием «Русский патриот» Шлёцер привел данные о детской смертности в России. Эти материалы были представлены Екатерине II. А в 1768 г. на их основе Шлёцер подготовил и опубликовал в Гёттингене книгу «Об обезвреживании оспы в России и о населении России вообще». Эта работа представляла злободневный интерес.
Из историко-публицистических произведений Шлёцера на темы, близкие современности, следует отметить выпущенный им в 1764 г. в Петербурге в двух частях трактат «О избрании королей в Польше», Приуроченный к избирательной кампании в Речи Посполитой, закончившейся провозглашением королем фаворита Екатерины II Станислава Августа Понятовского, трактат этот был созвучен политическим интересам руководящих правительственных кругов России.
С середины 1764 г. Шлёцер стал центром большой общественно политической борьбы, развернувшейся сначала в стенах Академии
наук, а затем вышедшей за ее пределы. Дело началось с вопроса о
назначении Шлёцера ординарным профессором русской истории. В этом
вопросе он нашел поддержку со стороны ряда профессоров Академии,
как русских (С. Я. Румовский), так и иностранных (И. Фишер,
Ф. Эпинус и др.). Воздержались С. К. Котельников и
А. П. Протасов, против кандидатуры Шлёцера выступили Г. Миллер
(высказавший опасение, что Шлёцер не останется на службе Российского государства и рано или поздно уедет в Германию, где использует русские материалы с большею прибылью для себя, но не к чести России и без пользы для нее) и Ломоносов.
Правда, Ломоносов еще в мае 1764 г. предлагал подумать о возможности для Шлёцера в какой-нибудь науке при академическом ученом корпусе или при университете быть профессором.
Но, ознакомившись с планами Шлёцера, касающимися разработки им русской истории Ломоносов высказался решительно против предоставления ему такой возможности.
Ломоносов не верил больше в научные данные Шлёцера. Поэтому, когда Шлёцер поставил вопрос предоставлении ему отпуска для поездки в Гёттинген (в 1764 г. он был назначен профессором Гёттингенского университета), Ломоносов обратился по этому поводу в Сенат. Он высказал опасение, что Шлёцер днлавший выписки из российских летописей, опубликует за границей «о России ругательные известия». Выдача Шлёцеру разрешения на отъезд за границу была задержана. Находясь длительное время в неизвестности о своей дальнейшей судьбе, Шлёцер был очень раздражен и резко высказывался о порядке в России. Позднее в своей автобиографии он записал: «Проклятием правительствам и всем их высшим и низшим чиновникам, кто задерживают своих подчиненных замедлением окончательных решении безбожно отнимают у гражданина право Habeas Corpu о из естественнейших прав человека и государства»(Шлецер Общественная и частная жизнь..., с. 237). И Ломоносов и Шлёцер очень тяжело переживали возникший между ними конфликт. Дело доходило до оскорбительных высказывай друг о друге.
Добиваясь разрешения на отъезд за границу, Шлёцер решил использовать свои связи во влиятельных кругах, которые он завязал в время преподавательской деятельности в учебном заведении К. Г. Разумовского.Через всесильного при Екатерине II Г. Н. Теплова Шлёцер Обратился к ней самой. При этом он представил два новых плана своей деятельности. Один предусматривал поездку на Восток, другой — занятия древней русской историей.
Путешествие на Восток Шлёцер предполагал использовать для собирания полезных России сведений о торговле. Он подчеркивал при этом, что в его время «торговля сделалась наукой». Кроме того, Шлёцер предлагал, будучи в Риме, «перерыть славянские рукописи Ватикана» в расчете, что «славянская литература много выиграет от этих разысканий».
В план изучения истории России Шлёцер включил: завершение «Русской грамматики», издание этимологического словаря русского и латинского языков, издание в сокращенном виде сочинений В. Н. Татищева, которого он называет отцом русской истории, составление «русской географии» (на немецком и русском языках), написание сокращенной «древней русской истории» (на французском и немецком
языках), перевод на латинский язык летописи Нестора с примечаниями.