Для этой группы дегидрогеназ коферментами служат ФАД или ФМН.
Флавиновые дегидрогеназы – сложные белки, они прочно связаны с апоферментами. В ходе реакции отщепляемые от субстрата атомы водорода присоединяются к изоаллоксазиновой группировке кофермента.
К флавиновым ферментам принадлежит НАДН-дегидрогеназа, которая окисляет НАДН. Акцептором водорода в этой реакции служит кофермент Q (убихинон), который в клетке может существовать в окисленной (убихинон, Q) и восстановленной (убихинол, QH2) формах.