Российские и иностранные суда с момента прибытия в территориальные воды РФ считаются находящимися под таможенным контролем до окончания оформления таможенных документов на выпуск товаров и транспортных средств.
Таможенное оформление судов производится, как правило, круглосуточно в порядке их прихода в порт (отхода из порта). Таможенное оформление и контроль осуществляются комиссией, в состав которой входят представители таможни, контрольно-пропускного пункта погранвойск, санитарно-карантинных служб, и агентирующей организации. При контроле наливных судов в состав комиссии включаются представители пожарной охраны.
До прихода судна осуществляется сбор, изучение, обобщение, анализ данных об обстановке по документам таможни и информации от взаимодействующих организаций. Непосредственно на прибывшем судне проводится таможенное оформление документов и товаров, перевозимых судовой командой и пассажирами, оформление документов на перевозимые товары, досмотр судна. По окончании работ на судне завершается таможенное оформление и обработка документации, оформленной на судне, формируется пароходное дело. Процедура таможенного оформления на «отход» в общем случае повторяет рассмотренный выше порядок оформления на приход.
Таможенное оформление товаров, ввозимых воздушным транспортом в соответствии с режимом выпуска для свободного обращения, производится в таможнях, расположенных в местах ввоза. В случае таможенного оформления в соответствии с другими режимами они могут быть доставлены в таможенные органы, в регионе деятельности которых находится получатель товаров, при соблюдении условий, обеспечивающих гарантию уплаты таможенных платежей.
Основным товарно-транспортным документом, оформляемым при поставке груза воздушным транспортом, является авианакладная.
Сами воздушные суда также являются объектами таможенного оформления и таможенного контроля как транспортные средства. Таможенное оформление воздушных судов согласно Чикагской конвенции (1944 г.) производится на основе единообразного международного документа - генеральной декларации воздушного судна.