Эпоха реформ 1860-1870-х гг. затронула все сферы развития русского общества.
К этому времени в архивном деле России:
ü устоялась министерская система архивов;
ü ведущими среди министерских архивов стали МАМИД и МАМЮ;
ü архивы были отделены от делопроизводства;
ü были созданы исторические архивы.
Главной проблемой стало преодоление бумажного вала. Необходимо было продолжать хранить документы прежних лет и, одновременно, принимать на хранение новые документы. Выходом из ситуации, особенно в провинции, стало уничтожение, зачастую без экспертизы ценности, старых архивов и заполнение их помещений новыми архивами. Тем не менее, архивная система развивалась. Создавались новые, реорганизовывались старые архивы. Министерские архивы начинали централизовываться, переводились из отдельных департаментов в департаменты общих дел или канцелярии. Тем самым создавались единые министерские архивы.
МАМЮ, переехавший в 1886 г. в собственное здание на Девичьем поле, стал научно-методическим центром всех архивов России. Здесь работали такие выдающиеся архивисты, как Н.В. Калачов, Д.Я. Самоквасов, Д.В. Цветаев. В архив были включены все московские исторические архивы. В 1887 году сюда попала Литовская метрика — архив Литовских князей XIV—XVIII веков. В МАМЮ проводилось описание документов по фондам. Фондовое хранение заменяло прежние формы хранения. В 1869— 1921 гг. вышел 21 том "Описания документов и бумаг МАМЮ", ставшего образцом архивного описания того времени. Образцовым путеводителем по архиву стала вышедшая в 1890 г. "Памятная книжка МАМЮ". В МАМЮ существовал свободный допуск к несекретным документам. Здесь работали такие исследователи, как СМ. Соловьев, В.О. Ключевский, Г.П. Данилевский. Документы МАМЮ использовались при написании научных трудов и художестве иных произведений.
В МАМИД также осуществлялись разборка дел и их описание. В 1880—1900 гг. выходили "Сборники МАМИД", в которых публиковались материалы архива. Образованный в 1867 г. Военно-ученый архив, расположившись в Лефортовском дворце в Басманной слободе, в 1871 г. начал выпуск "Материалов Военно-ученого архива Главного штаба" (вышло 14 томов). Материалы исторических архивов использовались в трудах ученых. Чаще всего архивные материалы публиковались в журналах "Русский архив", "Русская старина", "Исторический вестник", бывшими в то время ведущими отечественными историческими изданиями.
Произошли следующие нововведения в порядке хранения документов:
ü перегруппировка дел по принципу принадлежности;
ü хранение по тематике и коллекциям с внутренним хронологическим делением;
ü начало фондового хранения по происхождению;
ü проведение экспертизы ценности документов с их делением на постоянные, временные и подлежащие уничтожению;
ü составление описей, алфавитов, обозрений, путеводителей, топографических указателей;
ü расширение справочного аппарата, введение в обозрения данных по истории фондообразователя, развернутых аннотаций документов с включением их текстов;
ü превращение научно-справочного аппарата в самостоятельный исторический источник.
Материалы архивов использовались чаще всего при проведении исторических исследований.