Проблема различия и сходства общественных и естественных наук решалась в истории различными способами. Так, философы-неокантианцы (В. Виндельбанд, П. Рикерт) считали, что все науки можно разделить на два вида: науки о природе и науки о культуре.
Первые исследуют природную реальность посредством обобщающего (генерализирующего) метода, выявляя законы природы.
Вторые посредством индивидуализирующего метода изучают неповторимые, уникальные исторические события. Задача исторических наук — понять смысл социального (М. Вебер) в различных историко-культурных контекстах.
В «философии жизни» (В. Дильтей) природа и история отделяются друг от друга и противопоставляются как онтологически чуждые сферы, как разные сферы бытия. Таким образом, не только методы, но и объекты познания у естественных и гуманитарных наук различны. Культура — продукт духовной деятельности людей определенной эпохи, и, чтобы ее понять, необходимо пережитьценности данной эпохи, мотивы поведения людей.
Понимание как прямое, непосредственное постижение исторических событий противопоставляется выводному, непрямому знаниюв естественных науках.
Понимающая социология (М. Вебер) интерпретирует социальное действие, пытаясь его объяснить. Результатом такой интерпретации являются гипотезы, на основе которых и строится объяснение. История, таким образом, предстает как историческая драма, автором которой является историк. Глубина понимания исторической эпохи зависит от гениальности исследователя. Субъективность историка — не препятствие для познания общественной жизни, а инструмент и метод понимания истории.
Разделение наук о природе и наук о культуре было реакцией на позитивистское и натуралистическое понимание исторического бытия человека в обществе.
Натурализм рассматривает общество с позиций вульгарного материализма, не видит принципиальных различий между причинно-следственными связями в природе и в обществе, объясняет общественную жизнь естественными, природными причинами, применяя для их познания естественнонаучные методы.
Человеческая история предстает как «естественный процесс», а законы истории становятся разновидностью законов природы. Так, например, сторонники географического детерминизма (географическая школа в социологии) главным фактором социальных изменений считают географическую среду, климат, ландшафт (Ш. Монтескье, Г. Бокль, Л. И. Мечников). Представители социал-дарвинизма сводят социальные закономерности к биологическим: общество рассматривается ими как организм (Г. Спенсер), а политика, экономика и нравственность — как формы и способы борьбы за существование, проявление естественного отбора (П. Кропоткин, Л. Гумплович).
Натурализм и позитивизм (О. Конт, Г. Спенсер, Д.-С. Милль) стремились отказаться от умозрительных, схоластических рассуждений, характерных для метафизических исследований общества, и создать «позитивную», доказательную, общезначимую общественную теорию по подобию естествознания, которое уже в основном достигло «позитивной» стадии развития. Однако на основе такого рода исследований были сделаны расистские выводы о природном разделении людей на высшие и низшие расы (Ж. Гобино) и даже о прямой зависимости между классовой принадлежностью и антропологическими параметрами индивидов.
В настоящее время можно говорить не только о противопоставлении методов естественных и гуманитарных наук, но и об их сближении. В социальных науках активно применяются математические методы, являющиеся характерной чертой естествознания: вэкономике (особенно в эконометрике), в истории (квантитативная история, или клиометрия), политологии (политический анализ),филологии (структурная лингвистика). При решении проблем конкретных общественных наук широко применяются приемы и методы, взятые из наук естественных. Например, для уточнения датировки исторических событий, особенно удаленных во времени, используются знания из области астрономии, физики, биологии. Существуют также научные дисциплины, объединяющие методы социально-гуманитарных и естественных наук, например, экономическая география.