Джавахетско-Армянскому нагорью свойственен горный климат (на преобладающей его части засушливый) с выраженными субтропическими чертами в Среднеараксинской впадине до высоты примерно 1000 м. Зимой на плато нагорья застаивается холодный воздух. Средняя температура января в целом понижается по мере нарастания высот примерно от О °С на Нахичеванской равнине до —12 °С в высокогорьях. В отдельные зимы при вторжении арктического воздуха в горах температура может падать до —46 °С. Летом температура воздуха существенно понижается с высотой. В Среднеараксинской впадине средняя температура июля достигает 26—27 °С, на Ленинаканской равнине 18—19 °С, а в высокогорьях снижается до 8 °С. Сумма температур выше 10 °С соответственно в первом случае составляет 3200—4800°, а на вулканических плато около 1200—2000 °С.
» На преобладающей части нагорья годовая сумма осадков невелика. В Среднеараксинской впадине она не превышает 300 мм, что примерно в 4 раза меньше величины испаряемости. На вулканических плато и равнинах выпадает 500—600 мм осадков и лишь на склонах наиболее значительных поднятий свыше 800— 900 мм, что превышает величину испаряемости. Средний годовой сток в горах местами превышает 500 мм, а в котловинах снижается почти до нуля.