ДЦФТО возглавляет начальник, назначаемый на должность и освобождаемый от должности в порядке, установленном МПС России. Прием, перемещение и увольнение центрального аппарата ДЦФТО производятся начальником дороги, работников структурных подразделений – начальником ДЦФТО в соответствии с законодательством о труде, настоящим Положением и штатным расписанием.
Структурные подразделения ДЦФТО:
1.Региональные агентства фирменного транспортного обслуживания:
Ростовское - (РАФТО-1)
Минераловодское - (РАФТО-3)
Махачкалинское - (РАФТО-6)
Краснодарское - (РАФТО-7)
Лиховское - (РАФТО-9)
2.Новороссийское агентство фирменного транспортного обслуживания
3.Технологические центры по обработке перевозочных документов:
Ростовский (ТехПД-1)
Ростовский (ТехПД-17)
Ростовский (ТехПД-18)
Кавказский (ТехПД-2)
Минераловодский (ТехПД-3)
Туапсинский (ТехПД-4)
Махачкалинский (ТехПД-6)
Краснодарский (ТехПД-7)
Сальский (ТехПД-8)
Лиховской (ТехПД-9)
Новороссийский (ТехПД-71)