Родился в городе Алеппо (в то время на территории Османской империи) в еврейской семье сефардского происхождения. (Семья Бенвенист за пять веков своей истории дала иудаизму многих видных раввинов и авторов религиозных сочинений).
Отец предназначал Эмилю карьеру раввина, и с целью получения более качественного религиозного образования отправил сына в Марсель. Там юноша познакомился с видным лингвистом-индологом Сильваном Леви и по рекомендации последнего отправился учиться в Париж.
В Париже учился в Сорбонне и в Высшей практической школе; один из наиболее знаменитых учеников А. Мейе, которого сменил в 1937 г. в качестве профессора Коллеж де Франс. Секретарь Парижского лингвистического общества (с 1959).