В природе многие локусы содержат более двух аллелей. В случае множественного аллелизма равновесие по частотам всех диплоидных генотипов в популяции
, так же, как и при двух аллелях, достигается уже после однократного случайного скрещивания.
Для любого числа аллелей справедливо следующее правило:
Частота аллеля гена при множественном аллелизме равна сумме частот гомозигот по этому аллелю и половины частот гетерозигот, несущих данный аллель.
Если генотип
встречается с частотой 
а генотип
с частотой
, то частота аллеля
составит:

где
, а n – число аллелей локуса А.
При условии случайности сочетаний гамет и скрещиваний расширенные равновесные частоты для гомозиготных генотипов при множественном аллелизме равны
при 
Равновесные частоты гетерозиготных генотипов при множественном аллелизме равны
при 
Пример для трёх кодоминантных аллелей
Пусть частоты шести генотипов в исходной популяции равны:

Тогда частоты гамет с тремя аллелями перед свободным скрещиванием составят:

Решётка частот объединения гамет имеет вид:
Таким образом равновесные частоты генотипов в случае с тремя аллелями будут следующие:







