Системе наказаний посвящена глава 2 УК, в которой статья 9 перечисляет виды уголовных санкций и делит их на основные и дополнительные; статья 10 ранжирует их по степени тяжести; статья 21, относящаяся к мерам, связанным с лишением свободы, предусматривает, что число дней, проведенных в предварительном заключении, может быть полностью или частично зачтено в срок самого наказания.
Уголовным кодексом Японии установлены семь видов наказаний -смертная казнь (сикэй), лишение свободы с принудительным трудом (тёзки), лишение свободы без принудительного труда (кинко), уголовный штраф (баккин), уголовный арест (корю), малый уголовный штраф (каре), конфискация (боссю). Эти наказания классифицируются следующим образом;
по порядку (способу) назначения - шесть первых являются основными, конфискация - дополнительным; дополнительное наказание может назначаться только с основным;
по возможности определения срока - срочными являются лишение свободы с принудительным трудом и без него, включая пожизненное заключение, и уголовный арест, одномоментными - уголовный штраф и малый уголовный штраф;
по характеру воздействия на осужденного наказания разделяются на смертную казнь, связанные с лишением свободы (дзиюкэй), имущественные (дзайсанкэй).