Многие виды мух являются механическими переночиками возбудителей кишечних инфекций (холеры, брюшного тифа, дизентерии).
Кровососущие мухи являются спецефическими переносчиками возбудителей инфазионных и инфекционных болезней: муха це-це(p. Glossina),-сонной болезни, жигалка (p. Stomoxys)-туляремии, сибирской язвы, чумы, мошки(p. Similium)- онхоцеркоза, слепни(p. Chrysops)-лоалаза.
Слюна кровососущих видов является токсической, особенной для детей и вызывает ярко выраженные аллергические реакции.
Личинки некоторых видов, питаясь мягкими тканями, выщывают кишечные и тканевые миазы(оводы, вольфрамова муха= Wohlfahrtia magnifica)
Личинки некоторых видов мух могут быть ложными паразитами при случайно попадании в ЖКТ.