Структурные коэффициенты системы одновременных уравнений могут быть оценены разными способами в зависимости от вида модели с точки зрения ее идентификации. Наибольшее распространение получили следующие методы оценивания коэффициентов системы одновременных уравнений:
1) косвенный метод наименьших квадратов (КМНК);
2) двухшаговый метод наименьших квадратов (ДМНК);
3) трехшаговый метод наименьших квадратов (ТНМК);
4) метод максимального правдоподобия (ММП).
Косвенный метод наименьших квадратов (КМНК) применяется в случае точно идентифицируемой структурной модели. Если система сверхидентифицируема, то КМНК не используется, ибо он не дает однозначных оценок для параметров структурной модели. В этом случае могут использоваться разные методы оценивания, среди которых наиболее распространенным и простым является двухшаговый метод наименьших квадратов (ДМНК).