Согласно Международной классификации (IUPAC), биокатализаторы делят на шесть главных классов, в каждом из которых выделяют несколько подклассов: 1) оксидоредуктазы; 2) трансферазы; 3) гидролазы; 4) лиазы; 5) изомеразы; 6) лигазы (синтетазы). В основу принятого деления положен тип катализируемой реакции, который является специфичным для действия любого фермента.
Название же энзима обычно строится по следующей схеме:
Например, лактатдегидрогеназа, пируваткарбоксилаза, но для гидролаз существует исключение; построение термина упрощено: к названию субстрата добавляют лишь окончание (аргиназа, липаза, фосфатаза и т.д.); в название же синтаз включают не субстрат, а продукт реакции.