Осуществляется путем модификации аминокислотных остатков или связей в структуре фермента (ограниченный протеолиз, присоединение различных групп)
a) Ограниченный протеолиз (дешифровка активного центра)
Характерен для протеолитических ферментов.
Отщепление от профермента пептида, закрывающий активный центр фермента.
Используется: активации ферментов, при переваривании белка, при свертывании крови, в синтезе соединительной ткани, процессинге пептидных гормонов.
b) Присоединение различных групп
Например: соединения, содержащие свободные SH-группы (глу, цис) активизируют некоторые тканевые ферменты (оксидоредуктазы, катепсины, аргиназа), растительную протеиназу и др