Параллельно росту популярности аниме за пределами Японии, растёт и число противников этого жанра мультипликации. Наиболее серьёзную критику вызывает чрезмерное, по мнению многих, количество насилия и эротики в аниме, неадекватное поведение людей, увлекающихся просмотром и коллекционированием аниме — отаку, — выливающееся порой в патологические формы (уход от реальности, агрессивность, близкая к наркотической зависимости). В европейских странах и США японская мультипликационная продукция проходит предварительную оценку, с определением возрастной аудитории; иногда, с целью уменьшить возрастную планку, издатель вырезает из произведения слишком откровенные или жестокие кадры.
Многим не нравится аниме на эмоциональном уровне. Также часто зрителям не нравится графическое решение в аниме — пресловутые «большие глаза», или голоса персонажей, из-за непривычного для европейца звучания слов и выражения эмоций в японском языке.
Большая часть критики, высказываемой в адрес аниме, также справедлива и по отношению к любой ветви современной массовой (особенно визуальной) культуры, к таким как игры, музыка, современные телесериалы, современные кинофильмы.