На данном этапе исследования объект-система рассматривается в качестве иерархической структуры. В представленной структуре (в любом показанным выше виде) выделяются все элементы (подсистемы), определяются их связи и отношения. Таким образом, определяются уровни иерархии (в БС) и научные способы их описания. Затем определяется процесс функционирования элементов системы, т.е. делается структурно-функциональных анализ объекта исследования. Определяется специфика процессов управления, как в самой системе, так ее информационных связей с окружающей средой, на основе разработки структуры целей. Формулируются принципы функционирования элементов в целом образовании. Определяются критерии устойчивого развития, состояний, и изменений.
На этом этапе исследования используются методы логических построений, диагностики, синтеза. Анализ производится на основе построения графических, матричных, сетевых, морфологических, кибернетических и синергетических моделей.
Результатом этого этапа анализа становится построение структурно-функциональной модели объекта-системы.