ДМНК состоит из двух этапов. На первом этапе обычным МНК строится модель приведенной формы и на ее основе рассчитываются значения эндогенных переменных , содержащихся в правой части сверхидентифицируемого структурного уравнения. На втором этапе найденные значения эндогенных переменных подставляются в структурное сверхидентифицируемое уравнение вместо их реальных значений, после чего к структурному уравнению применяют обычный МНК.
Несмотря на важность систем эконометрических уравнений, на практике часто некоторые взаимосвязи переменных не принимают во внимание и используют модели с одним уравнением.