В зависимости от вида системы одновременных уравнений коэффициенты структурной модели могут быть оценены различными методами. Наиболее распространены косвенный метод наименьших квадратов (КМНК), который применяется для идентифицируемой системы одновременных уравнений, двухшаговый метод наименьших квадратов (ДМНК), применимый для оценки коэффициентов сверхидентифицируемой модели, и трехшаговый метод наименьших квадратов, пригодный для всех видов структурных уравнений.