Преимуществом крио-ЭМ по сравнению с РСА (рентгеноструктурный анализ) является то, что этот метод не требует выращивания кристаллов – процедуры длительной и не всегда дающей результат. Кроме того, для крио-ЭМ требуется намного меньше материала, чем для РСА. К недостаткам крио-ЭМ следует отнести то, что разрешение, которое может дать этот метод, пока не позволяет четко “видеть” неструктурированные нитевидные фрагменты рибосомных белков и рРНК, триплеты иРНК и некоторые другие важные детали.