Аффинная модификация

Аффинная модификация, или аффинное химическое сшивание, основано на использовании химически активных производных лигандов рибосомы - участников процесса трансляции (тРНК, мРНК и пр.), несущих сшивающие группы в определенных положениях. Такие производные сшивают с рибосомами в составе комплексов, моделирующих ту или иную стадию трансляции, и затем определяют, к каким рибосомным белкам и/или нуклеотидам рРНК они ковалентно присоединились. В результате получают информацию о том, с какими структурными элементами рибосомы соседствует фрагмент лиганда, несущий сшивающую группу. Аффинный реагент обычно несет также метку (чаще всего радиоактивную), позволяющую следить за компонентами рибосомы, к которым он присоединился. Как правило, для изучения функциональных центров рибосом использовали аффинные реагенты на основе тРНК или фрагментов мРНК, поскольку получение аффинных реагентов на основе факторов трансляции – намного более сложная задача. Общая схема эксперимента по аффинной модификации рибосом (в качестве примера приведен реакционноспособный аналог мРНК) выглядит следующим образом:

В становлении и развитии метода аффинной модификации для изучения не только рибосом, но и активных центров ферментов и различных комплексов нуклеиновых кислот огромную роль сыграл Новосибирский институт биоорганической химии АН СССР (с 2003 г. – Институт химической биологии и фундаментальной медицины СО РАН), основанный академиком Д.Г. Кнорре. Один из отделов этого института - лаборатория Г.Г. Карповой, уже много лет является одним из мировых лидеров по изучению структуры и функции рибосом.