Основной особенностью изучения институтов, с точки зрения теории рационального выбора, является способность анализировать их влияние на решение тех или иных проблем. Нередко решающее воздействие на исход событий оказывают на первый взгляд незначительные детали, выявляющиеся лишь на микроуровне исследования. Так, например, правила формирования повестки дня в каждой палате Конгресса могут оказывать решающее воздействие на выбор законодательной политики. Равным образом на принятые решения сильно влияет последовательность взаимодействия между стратегически важными агентами. Ученые применяют описанные модели при изучении самых разных проблем. Перспектива теории рационального выбора в институциональном анализе состоит в том, что она предоставляет технологию для того, чтобы одновременно учитывать многочисленные разнообразные параметры, тем самым позволяет получить достоверное представление о том, как будут изменяться результаты политического взаимодействия в различных обстоятельствах. Так, в частности, изменение ситуации в Конгрессе оказывает влияние на судебные органы, и наоборот. Преимущества теории рационального выбора состоят в том, что предлагаемые ею методы дают возможность понять, как меняются парадигмы общего взаимодействия институтов при изменении тех или иных обстоятельств.