К поздним разрушающим изменениям относятся процессы гниения, интенсивность которого зависит от многих причин. Оптимальные условия для гниения возникают при температуре окружающей среды 30—40 °С. Гниение быстрее развивается на воздухе, медленнее — в воде и еще медленнее — в почве. Трупы, находящиеся в гробах, особенно при их герметизации, загнивают более медленно. При температуре ниже 0-1 °С и выше 50—60 °С процесс гниения резко замедляется, а при сухом воздухе может прекратиться совсем, и труп постепенно переходит в состояние естественной мумификации.
Гнилостные процессы в трупе начинают проявляться вскоре после наступления смерти, обычно начинаются в толстом кишечнике и выражаются в образовании гнилостных газов. Содержащийся в них сероводород проникает через кишечную стенку, соединяется с железом гемоглобина крови и окрашивает в зеленый цвет переднюю брюшную стенку в подвздошных областях. Первые признаки гниения в обычных комнатных условиях (16—18 °С) появляются на 2—3-й день в виде зеленоватых пятен в правой, затем — в левой подвздошных областях (трупная зелень). На 3—4-й день вследствие нарастающего давления гнилостных газов микроорганизмы распространяются по венозным сосудам, вызывая гниение крови, что образует гнилостную венозную сеть грязно-зеленого цвета, хорошо видимую через неповрежденную кожу. Гнилостные газы, скапливаясь в подкожно-жировой клетчатке, органах и полостях, приводят к трупной эмфиземе. Особенно раздутыми оказываются лицо, губы, молочные железы, живот, мошонка, конечности. Тело трупа приобретает необычно большие размеры. Под воздействием газов содержимое желудка может переместиться через пищевод в полость рта - возникает так называемая посмертная «рвота». К этому времени вся кожа трупа приобретает грязно-зеленый цвет. Эпидермис на отдельных участках отслаивается, и образуются гнилостные пузыри с серозно-кровянистым содержимым.
В зависимости от условий погребения (характера почвы, ее загрязнения и др.) приблизительно к двум годам после смерти ткани и органы приобретают вид распадающейся однородной грязновато-серой массы, обнажая кости скелета. У трупов, находящихся в земле, постепенно меняется цвет волос.
При исключении воздействия одного из факторов внешней среды (кислород воздуха, влажность, плюсовая температура) процесс гниения приостанавливается. Низкая температура приводит к охлаждению трупа, прерывая процессы разложения.
Мумификация, т.е. частичное высыхание трупа, наблюдается на открытом воздухе, в проветриваемых помещениях и при захоронениях трупов в сухих крупнозернистых и песчаных почвах. При мумификации труп теряет всю жидкость, вес его составляет 1/10 от первоначального. Кожа трупа приобретает вид плотного пергамента буровато-коричневатого цвета. При благоприятных условиях мумификация трупа взрослого человека может наступить не ранее чем через 6—12 мес, а трупов детей -в более короткое время.
Жировоск образуется в условиях повышенной влажности и при отсутствии доступа воздуха. Такие условия могут создаваться в воде, при захоронении во влажных и глинистых почвах и при других подобных условиях. Начавшееся гниение в связи с отсутствием воздуха приостанавливается, ткани и органы постепенно переходят в состояние жировоска, который чаще образуется в трупах со значительными жировыми отложениями. При повышенном количестве влаги наступает мацерация кожи, она становится проницаемой для воды. Вода, проникая в труп, постепенно вымывает часть микроорганизмов, жир разлагается и частично вымывается из трупа и, соединяясь с солями щелочных и щелочноземельных металлов, образует жировоск студневидной консистенции, грязно-серого цвета или плотный жировоск серовато-белого цвета, с сальным блеском, имеющий запах прогорклого сыра.
Торфяное дубление — своеобразное явление обезвоживания, возникающее в трупе при попадании его в торфяные болота и почвы, содержащие гуминовые кислоты. Труп, находящийся в состоянии торфяного дубления, имеет плотную, темно-бурую, как бы дубленую кожу. Под воздействием гуминовых кислот минеральные соли в костях растворяются и полностью вымываются из трупа. Кости в таком состоянии делаются мягкими и легко режутся ножом.
Труп может оказаться в некоторых других условиях, при которых процесс гниения прекращается в самом начальном периоде своего развития, что способствует его длительному сохранению. Так, трупы, находящиеся в воде с высокой концентрацией солей или в нефти, оказываются в состоянии естественной консервации. Низкая температура окружающей среды также создает условия для естественного и длительного сохранения трупов.