С продолжением истории Страны восходящего солнца те, кто занимался сюгэндо для себя, чувствовали себя все более уверенно в условиях постоянно менявшихся правительств и военных диктатур, игравших деревнями, городами и областями феодальной Японии как фигурами на шахматной доске. Значительно уступавшие по численности вооруженным силам феодалов, не имевшие права по закону на защиту своих домов, общин и земель, задушенные правительственными налогами, лишавшими их возможности строить храмы, гробницы и молельни, просветленные люди с гор все больше и больше направляли свои тренировки на достижение психологического преимущества и победы в схватке.
Одетый в черное легендарный ниндзя почти растворился в листве за каменным фонарем
Так родилось легендарное искусство ниндзя, невидимых воинов южной части центральной Японии. В нем соединились партизанская война, шпионаж, разведка, гармония с природой, искренняя преданность семье и то, что суеверные люди называют колдовством. Ниндзюцу развивалось как боевое искусство, не имеющее аналогов в мировой истории.
С XIII по XVII век десятки общинных и семейных Рю, или школ, работали в японских провинциях Ига и Кога, к юго-востоку от столицы Киото. Затерянные в труднодоступных горах семьи ниндзя на своей территории вершили собственный суд и помогали местным феодалам вести разведку и тайную войну.