Командир МКС є керівником екіпажу і відповідає за формування єдиної команди з окремих членів екіпажу МКС.
У ході передпольотної діяльності командир МКС у межах своїх повноважень здійснює керівництво проходження членами екіпажу МКС курсу навчання та їх участю в діяльності з підготовки до польоту і прагне забезпечити готовність членів екіпажу МКС до польоту згідно з вимогами, виступаючи як представник екіпажу в органах, що відповідають у рамках програми МКС за навчальний процес, медичне забезпечення, проведення операцій та використання МКС.
У період післяпольотної діяльності командир МКС у міру необхідності взаємодіє з цими органами для забезпечення виконання членами екіпажу МКС необхідної післяпольотної програми.