Всосавшись в тонком кишечнике, все формы витамина с током крови разносятся к тканям и, проникая в клетки, фосфорилируются с участием АТФ и пиридоксалькиназ. Коферментные функции выполняют два фосфорилированных производных пиридоксина: пиридоксальфосфат и пиридоксаминфосфат.
Распад коферментов осуществляется путем дефосфорилирования и окисления в тканях. Основным пролуктом катаболизма является 4-пиридоксиловая кислота, которая экскретируется с мочой.