Поскольку налогооблагаемая база для косвенных налогов (акцизов, НДС, налога с продаж) связана с оценкой реализации продукции, при аудите косвенных налогов проверяющий опирается на данные проверки учета реализации продукции.
Особое внимание должно быть уделено установлению правильности отнесения налогов на соответствующие источники их уплаты (за счет выручки, себестоимости, валовой или чистой прибыли предприятия, заработной платы персонала).
В соответствии с действующим налоговым законодательством учет реализации продукции (работ, услуг) для целей налогообложения может осуществляться одним из двух методов: «по отгрузке» или «по оплате». Если в учетной политике предприятия установлен второй метод, то аудитору следует выяснить точность исчисления (корректировки) налогооблагаемой базы в соответствующем отчетном периоде по налогу на прибыль и налогам, уплачиваемым с оборота (НДС, налог на реализацию горюче-смазочных материалов, налог на пользователей автодорог и др.), поскольку бухгалтерская и налоговая отчетность предприятия не будут совпадать. При этом сумма начисленного, но не оплаченного НДС учитывается на отдельном субсчете счета 76 «Расчеты с разными дебиторами и кредиторами». При поступлении оплаты от покупателей (в том числе путем зачета взаимных требований) соответствующая сумма НДС относится на расчеты с бюджетом, т. е. на счет 68. Доходы от внереализационных операций подлежат включению в налогооблагаемую базу преимущественно по моменту их начисления (признания) независимо от поступления денежных средств. Расходы по этим операциям учитываются для целей налогообложения, как правило, при условии фактической оплаты.
В заключение аудитор должен установить соответствие данных аналитического учета по счетам 68 и 69 данным синтетического учета в Главной книге и в отчетности. Выявленные в ходе проверки нарушения регистрируются в рабочей документации аудитора.