В подавляющем большинстве случаев благоприятный: развивается самопроизвольная или индуцированная противовоспалительной терапией ремиссия. Примерно в 1-2 % случаев эндокринной офталъмопатии характеризуется тяжелым течением, которое завершается выраженными остаточными явлениями в неактивной фазе.