Принцип холизма в неоклассической модели научного исследования предполагает учет переплетения и взаимопроницаемости факторов региональной конфликтогенности разного уровня и масштаба в пространстве региональной конфликтогенной ситуации в целом. При этом изучение разноуровневых и разномасштабных факторов предполагает соблюдение некоторых методологических процедур. Первая связана с использованием методологии «воронки причинности». Идея этой методологии заключается в сужении фокуса анализа факторов от структурного к процедурному. При этом переход от одного масштаба рассмотрения факторов к другому, спуск с макроуровня на мезо- и микроуровень их анализа предполагает, что объяснительный потенциал факторов предшествующего масштаба и уровня уже исчерпан. Вторая методологическая процедура предполагает, что после построения «дифференцированных моделей» изучения разных факторов региональной конфликтогенности следует переходить к синтезу результатов разноуровневых и разномасштабных объяснений и интерпретаций.