По виду отображаемого объекта все системы можно разделить на материальные или объективно существующие, абстрактные или концептуальные и виртуальные.
Материальные системы в свою очередь подразделяются на естественные и искусственные системы.
Естественные системы образованы космическими, планетарными, геосферными, молекулярными, атомарными и другими природными явлениями и не связаны с деятельностью человека, не являются результатом его труда. К ним относят группу неживых систем неорганической природы (физические, химические, геологические и другие), а также группу живых систем органической природы (простейшие и сложные биологические организмы, различные популяции и их виды, экосистемы и другие).
Искусственные системы - это объекты, произведенные в результате практической деятельности человека. Это все то, что организуется, создается, выращивается и выводится людьми: промышленные предприятия, животноводческие и растениеводческие хозяйства, энергетические комплексы, научно-исследовательские институты, учебные учреждения и многое другое. Важное место в ряду этого многообразия занимают технические системы различного назначения: промышленного, военного, коммуникационного, энергетического, технологического, бытового и другого.
Развитие науки и техники привело к повсеместной автоматизации и информатизации человеческой деятельности, при которых человек и машина (всевозможная техника) объединяются в человеко-машинные системы (эргатические), функционирующие согласно единым целям.
В настоящее время влияние человека на окружающую его природу настолько велико, что с его помощью искусственные системы все больше проникают в действие естественных систем, зачастую нарушая их естественное развитие вплоть до их разрушения. Отсюда возникают проблемы, глобального характера (мирового масштаба), которые несут негативные последствия для самого человека, например, такие как: глобальное потепление, загрязнение среды, опасность всеобщего ядерного катаклизма и т. п.
Абстрактные системы или концептуальные системы - это выраженные в символьной форме представления людей, отражающие прошлую, настоящую и будущую реальность. Примерами такого класса систем служат научные теории, гипотезы, понятия, лингвистические (языковые), формализованные описания и другие системы. К таким системам также относятся: описательные, логические и математические модели, компьютерные программы, технические задания на научно-исследовательские и опытно-конструкторские работы, эскизные проекты и рабочие чертежи различных устройств и сооружений, топографические карты, различного рода полиграфическая (газеты, журналы, книги), художественная и рекламная продукция.
Именно эти объекты, представленные человеком как мысленное отображение окружающей его действительности, являются предметом системных аналитических исследований.
При этом необходимо отметить, что естественные и искусственные объекты, отражаясь в сознании человека, выступают в роли абстракций, понятий, а абстрактные проекты создаваемых систем воплощаются в реально существующие объекты, которые можно ощутить, а при их изучении снова отразить в виде абстрактной системы.
Виртуальные системы – компьютерные игры, тренажеры, интернет, обучающие программные комплексу. Здесь системообразующим фактором является кажущаяся реальность среды.