2020-05-25
192
Результат генотипирования методом ДРИМ проявляется в виде набора около 45 фрагментов ДНК типа «штрих-кода», характерного для каждого бактериального штамма (рис. 13). После оптимизации метода было проведено генотипирование изолятов. Валидацию метода ДРИМ проводили в сравнении с ПГЭ.
Рисунок 13. Генотипирование методом ДРИМ 16 изолятов S. aureus (дорожки 1-8, изоляты из инфицированных кур, дорожки 9-16 - индеек). М – маркер размеров фрагментов ДНК, выраженный в парах нуклеотидов.
В анализ брали 15 изолятовантибиотикорезистентных Staphylococcus aureus (MRSA), которые генотипировали одновременно указанными двумя методами (таблица 1).
Таблица 1. Сравнение генотипов, выявленных методами ПГЭ и ДРИМ в группе 15 изолятов Staphylococcus aureus (MRSA) strains
| № изолята | ПГЭ генотипы | ДРИМ генотипы |
| 04-3095 | A1 | A1 |
| 04-3097 | A2 | A2 |
| 04-3098 | A1 | A1 |
| 04-3099 | A1 | A3 |
| 04-3100 | B2 | B |
| 04-3101 | A2 | A4 |
| 04-3103 | A1 | A3 |
| 04-3104 | B1 | A1 |
| 04-3105 | A1 | A1 |
| 04-3106 | A1 | A1 |
| 04-3108 | A1 | A1 |
| 04-3109 | B1 | A1 |
| 04-3110 | A1 | A1 |
| 04-3111 | B1 | A1 |
| 04-3112 | A1 | A1 |
Метод ДРИМ выявил 5 генетических вариантов (штаммов), в то время как ПГЭ - всего 4. В целом наблюдали хорошее соответствие между методами. ДРИМ генотипирование выявило один кластер из 14 генетически близких изолятов, распределенных в группу А1 (10 идентичных изолятов), близких к ним А2 (один изолят), А3 (два изолята) и А4 (один изолят). Выявлялся также один генетически уникальный изолят - В (изолят 04-3100). Два ДРИМ изолята А1 и А3 (04-3098 и 04-3099, соответственно), которые не различались в ПГЭ с генотипом А1. Такая же картина наблюдалась в отношении изолятов 04-3097 и 04-3101 (один ПГЭ генотип А2), которые методом ДРИМ были дискриминированы на близкие, но все равно отличающиеся генотипы А2 и А4. Только в одном случае ПГЭ продемонстрировал преимущество, присвоив изолятам 3104, 3109 3111, отнесенных к ДРИМ генотипу А1, другой генотип В1.
|
|
|
Вывод по проделанной работе
Таким образом, генотипирование методом ДРИМ, хорошо зарекомендовавшее себя на ряде видов бактерий, может использоваться при идентификации штаммов S. aureus. Дискриминационная способность метода не уступает таковой пульс-гель электрофореза, при этом генотипирование может быть проведено в течение одного дня без использования дорогостоящего и специализированного оборудования.
Заключение
В процессе работы были изучены особенности функционирования предприятия. Были рассмотрены регламенты, техника безопасности предприятия, изучено оборудование производства. Была достигнута цель производственной практики (научно-исследовательской работы) - приобретение практических умений и навыков самостоятельной научно-исследовательской работы. Для достижения поставленной цели я добилась следующих результатов:
|
|
|
ü сформированы умения и навыки по получению информации на основе наблюдений, опытов научного анализа эмпирических данных;
ü сформированы умения по реферированию научно-технической информации, составлению аналитических обзоров накопленных сведений в мировой науке и производственной деятельности;
ü овладение основными методами и приемами проведения экспериментальных исследований;
ü сформированы навыки применения полученных теоретических знаний в практической деятельности при проведении научно-исследовательской работы;
ü овладение навыками работы с биоинформационными технологиями для повышения эффективности научно-исследовательской работы;
ü сформированы умения и навыки самостоятельного осуществления научно-исследовательской работы.
Были собраны и систематизированы материалы для написания ВКР.
