Новая Конституция была вынесена на всенародное обсуждение, а затем принята на референдуме 12 декабря 1993 г. В соответствии с новой Конституцией осуществлялось полное разделение властей. Законодательная власть (парламент) — Федеральное Собрание, состоящее из двух палат. Совет Федерации — высшая палата — формировался по принципу представительства субъектов Федерации. Регионы тогда представляли губернаторы и президенты республик, а также председатели местных законодательных собраний, которые избирались населением. Вторая палата — Государственная дума — избиралась населением. Первые выборы состоялись 12 декабря 1993 г. и проходили по мажоритарной системе и по партийным спискам. Убедительную победу на выборах одержали коммунисты. «Выбор России» Гайдара (реформаторы) занял второе место, четверть голосов избирателей собрала ЛДПР во главе с В. Жириновским. Исполнительная власть была представлена правительством, глава которого теперь утверждался Государственной думой по представлению Президента. По Конституции РФ 1993 г. Россия стала президентской республикой. В руках Президента как главы государства концентрировалась большая власть. Президент имеет право распускать парламент, принимать указы, приобретающие силу нормативных актов, является Верховным главнокомандующим, ему подчиняются все силовые министерства, а также Совет Безопасности.
Ситуация в стране улучшалась медленно. Бедность и откровенная нищета значительной части населения вызвали разочарование в идеалах либеральной демократии. Росла зависимость от внешних заимствований, цен на нефть и газ на мировом рынке. 16 июня 1996 г. состоялись выборы Президента РФ— наиболее важное политическое событие в постсоветской России. Хотя поддержка Ельцина в обществе существенно снизилась, в результате двух туров выборов, используя все доступные средства, он сумел обойти основного конкурента, лидера компартии Г. А. Зюганова. Сильное влияние на ситуацию в стране оказывали события в Чечне. Опасность сепаратистских тенденций в этом регионе не была оценена в полной мере в начале 90-х годов и возникла угроза дальнейшего распада страны. Федеральные войска, которые были направлены «для восстановления действия Российской Конституции на территории субъекта федерации» — Чеченской республики, не смогли овладеть ситуацией. Секретарь Совета Безопасности А. И. Лебедь, стремясь стабилизировать обстановку в Чечне, подписал 31 августа 1996 г. в Хасавюрте (Чечня) с А. Масхадовым, избранным президентом Ичкерии (Чечни), соглашение о прекращении конфликта. Это соглашение до сих пор вызывает споры и неоднозначные оценки. С одной стороны, война была остановлена, но с другой стороны, это соглашение означало фактическое признание самопровозглашенной Ичкерии. Эта двойственность породила новые попытки решить проблему вооруженным путем, которые затягивали узел, но не решали ее.
В течение второго срока активность президента в политике была невысокой (из-за проблем со здоровьем). Просчеты в приватизации, нарастание коррупции в госаппарате, острые социальные проблемы, сложная ситуация на Северном Кавказе обостряли политическую ситуацию. В высших эшелонах власти велась борьба, за кулисами которой стояли влиятельные группировки крупнейших промышленников и банкиров, лоббировавших свои интересы. Страну лихорадило от бесконечной смены премьер-министров. Обвал рубля в августе 1998 г., который вновь отбросил в нищету большинство населения, вызывал недовольство политикой власти, ее неспособностью решить проблемы страны. Ельцину ничего не оставалось делать, кроме как успокоить общество, объявив о своей скорой отставке. Премьер-министром был назначен В. В. Путин [2], который рассматривался Ельциным как преемник.