Белки МНС – это самые разнообразные из всех белков, не считая иммуноглобулинов и рецепторов Т-клеток

Антитела и рецепторы Т-клеток варьируют от одной клетки к другой, а белки МНС меняются от одного человека к другому.

Известны три класса белков главного комплекса гистосовместимости.

У белков класса I молекула состоит из двух полипептидных цепей – большой (размером с тяжелую цепь иммуноглобулинов, молекулярная масса 45000, гликопротеид) и связанной с ней гораздо меньшей по размеру субединицей, называемой b₂-микроглобулином (структурный гомолог константного домена тяжелой цепи иммуноглобулинов, полипептид молекулярной массой 12 000). Белки МНС класса I найдены на поверхности практически всех клеток.

Белки главного комплекса гистосовместимости класса II, напротив, есть на поверхности только некоторых клеток иммунной системы, таких как В-лимфоциты, макрофаги и специализированные эпителиальные клетки.

У этих белков молекула также состоит из двух полипептидных цепей, но примерно равных по размеру (a- 33000 и b-цепь 28000).

Гены, кодирующие белки С₂, С₄ и фактор В, расположены в комплексе МНС и обозначаются как гены класса III. (Обозначенные факторы системы комплемента участвуют в образовании С₃ конвертаз, активирующих последующий каскад реакций).

Отторжение чужой ткани вовсе не основное предназначение белков МНС. Истинная их роль состоит в направлении реакции Т-клеток на антиген. Т-клетки узнают одновременно антиген и белки МНС, находящиеся на поверхности одной клетки. Необходимость двойного стимулирования называется МНС-ограничением.