Цитотоксические Т-клетки (эффекторные клетки, клетки-убийцы) реагируют на антиген вместе с белками МНС класса I, а Т-хелперам требуются белки МНС класса II

Результатом МНС-ограничения активность Т-клеток направляется на клетки своего собственного организма, а не на бактерии или свободные антигены.

Считается, что цитотоксические Т-клетки возникли для защиты от вирусной инфекции. Когда вирус попадает в клетку, белок его оболочки остается на клеточной мембране. В результате заражения клетка приобретает еще один маркер в дополнение к её собственным, что необходимо для атаки Т-клетками: на поверхности клетки есть и чужой антиген и белок МНС – белок иммунологической индивидуальности. Цитотоксическая Т-клетка, узнав вирусный антиген рядом со своим белком МНС класса I, уничтожает зараженную клетку, прежде чем вирус успеет в ней реплицироваться.

Т-хелперы активируются клетками, представляющими антиген, которые захватывают свободные антигены и экспонируют их на своей поверхности вместе с белками МНС класса II – макрофагами и В-лимфоцитами. Именно макрофаги и В-лимфоциты несут на своей поверхности белки МНС класса II, вероятно, это и позволяет им взаимодействовать с Т-хелперами в ходе иммунного ответа. Предполагается, что взаимодействие осуществляется с помощью одного (а не двух!) рецептора двойного распознавания, хотя у данной теории имеются и противники.