Тридентский собор безоговорочно осудил взгляды Лютера и Кальвина в вопросе о благодати и предопределении, однако многие опасались, что такая крайняя форма противодействия протестантизму может привести к отрицанию учения св. Августина. В результате среди католиков возникла полемика о смысле благодати и предопределения.
Позднее в XVI веке иезуиты Саламанкского университета под руководством Луиса де Молина пришли к убеждению, что предопределение основывается на Божьем предвидении. Доминиканец Доминго Баньес, один из лучших католических богословов того времени, в ответ на это заявил, что такие взгляды противоречат учению Августина и, следовательно, заслуживают осуждения. Обе стороны выдвинули обвинения друг против друга перед испанской инквизицией, причем иезуиты утверждали, что доминиканцы – кальвинисты, а доминиканцы называли иезуитов пелагианами. Инквизиция передала дело на рассмотрение в Рим, и папа после долгих колебаний принял простое решение, признав оба обвинения не соответствующими действительности и предписав оппонентам впредь воздерживаться от взаимных нападок.
Аналогичная полемика в Лувенском университете получила более широкий резонанс. Мишель Бай выдвинул тезисы, близкие к учению Августина, и заявил, что греховная воля не может произвести ничего хорошего. В 1567 году папа Пий V осудил семьдесят девять положений, извлеченных из сочинений Бая. Тот отрекся от них, но продолжал проповедовать весьма схожее с ними учение. Когда с критикой Бая выступил один из богословов-иезуитов, преподаватели Лувенского университета обвинили его в пелагианстве. Пытаясь успокоить умы, снова вмешался папа. Но богословские взгляды Бая продолжали распространяться в Лувене и вновь всплыли шесть десятилетий спустя в 1640 году в работе Корнелия Янсения. Его изданная посмертно книга "Августин" не претендовала ни на что, кроме исследования и изложения учений великого богослова о благодати и предопределении. Но то, что Янсений раскрыл у Августина, слишком походило на учения Кальвина, и в 1643 году папа Урбан VIII осудил его тезисы.
Но на этом полемика не закончилась. Во Франции факел янсенизма принял Жан Дювержье, более известный как аббат Сен-Сиран, поскольку под этим именем он был аббатом одного из монастырей и так его звали монахини аббатства Пор-Рояль. Аббатство Пор-Рояль под руководством матери Анжелики стало центром благочестия и реформ, а Сен-Сиран был хорошо известен как ведущая фигура в этом движении. Ришелье бросил его в тюрьму, так как опасался, что религиозное рвение этих реформаторов может затруднить осуществление его политической программы. Выйдя на свободу в 1643 году, в том же году, когда подверглись осуждению тезисы его покойного друга Янсения, Сен-Сиран стал поборником янсенизма, сделав его центром аббатство Пор-Рояль. Но теперь янсенизм был уже не столько учением о благодати и предопределении, сколько движением за коренные религиозные реформы. Иезуиты выдвинули теорию "пробабилизма", согласно которой вероятность, пусть даже самая малая, что то или иное действие правильно, делает его с моральной точки зрения оправданным. В глазах французских янсенистов это выглядело нравственным индифферентизмом, и они пропагандировали строжайшую самодисциплину и строгость жизни – о монахинях Пор-Рояля говорили, что они "чисты, как ангелы, и горды, как бесы".
Сен-Сиран умер вскоре после освобождения, и эстафету приняли брат матери Анжелики Антуан Арно и философ Блез Паскаль. Гений Паскаля проявлялся с раннего возраста, особенно в области физики и математики. В тридцать один год, за восемь лет до смерти, он обратился в янсенизм. Это стало для него глубоким религиозным переживанием, оставившим отпечаток на всей последующей жизни. Когда Сорбонна осудила Арно, он опубликовал первое из двадцати "Писем к провинциалу", якобы направленных парижскими иезуитами жителю провинции. Благодаря юмору и остроумию они вскоре завоевали широкую популярность и, кроме того, попали в "Индекс запрещенных книг". На какое-то время среди парижской интеллигенции и аристократии вошло в моду быть янсенистом.
Блез Паскаль.
Затем последовала реакция. Людовик XIV не мог терпеть таких крайностей, которые легко могли превратиться в сектантство. Ассамблея клира осудила движение. Монахинь Пор-Рояля разогнали. Несмотря на свое галликанство, Людовик XIV попросил помощи у папы Александра III, предписавшего всем священнослужителям отречься от янсенизма. Но маятник в очередной раз качнулся в другую сторону. Александр умер, его преемник оказался более терпимым, монахиням разрешили вернуться в Пор-Рояль, и ходили даже разговоры, что Арно могут сделать кардиналом. Однако это было лишь краткой передышкой. В конце концов Арно вынудили отправиться в эмиграцию, где он и умер. Людовик XIV проявлял все большую нетерпимость, а папа Климент XI подтвердил осуждение янсенизма. В 1709 году полиция захватила Пор-Рояль и изгнала пожилых монахинь. На кладбище аббатства продолжали приходить многочисленные паломники, поэтому его приказали перекопать, и рассказывают, что за выкопанные останки дрались собаки. В 1713 году в булле "Unigenitus" Климент XI безоговорочно осудил янсенизм.
Но янсенизм не умер и даже развивался. Однако к тому времени он уже имел мало общего с учением Янсения, с реформаторским рвением Сен-Си-рана и Анжелики или даже с глубокой религиозностью Паскаля. Он стал скорее политическим и интеллектуальным движением, близким к галликанству. Некоторые простые священники присоединялись к нему в знак протеста против роскоши, в которой жили их руководители. Другие использовали его как средство противостоять необоснованному вмешательству Рима во французские дела. Третьи были рационалистами, видевшими в янсенистском движении реакцию на догматизм власти. В конце концов янсенизм исчез, но не потому, что был осужден и подвергался преследованиям, а из-за его излишней аморфности.