По СТ. 149 НК РФ

Продавец, освобожденный от обязанностей налогоплательщика на основании ст. 145 НК РФ, должен составлять счета-фактуры при реализации товаров (выполнении работ, оказании услуг), передаче имущественных прав (п. 5 ст. 168 НК РФ).

В приведенной норме не упомянуты участники проекта "Сколково", получившие освобождение от НДС в порядке ст. 145.1 НК РФ. Однако они также должны руководствоваться данной нормой и выставлять счета-фактуры без НДС. Это следует из пп. 1 п. 3 ст. 169 НК РФ и п. 3 Правил ведения книги продаж. Минфин России также указывает, что участники проекта "Сколково", получившие освобождение от НДС в порядке ст. 145.1 НК РФ, выставляют счета-фактуры без НДС (Письмо от 12.09.2012 N 03-07-09/129) <1>.

--------------------------------

<1> Данные разъяснения Минфина России изданы в период действия устаревшей редакции п. 5 ст. 168, п. 3 ст. 169 НК РФ и применения прежних Правил ведения книги продаж. Однако, по нашему мнению, ими можно руководствоваться и сейчас.

Примечание

В некоторых случаях лицам, применяющим освобождение от обязанностей налогоплательщика на основании ст. ст. 145, 145.1 НК РФ, счета-фактуры составлять не нужно. Подробнее об этом читайте в разд. 12.1.1.1 "В каких случаях счет-фактура не составляется".

Что касается операций, не облагаемых НДС в соответствии со ст. 149 НК РФ, то в отношении них налогоплательщики не обязаны составлять счета-фактуры (пп. 1 п. 3 ст. 169 НК РФ).

В то же время выставление счетов-фактур по таким операциям не является нарушением, поскольку нормы Налогового кодекса РФ не содержат соответствующего запрета. На это, в частности, указывает и Минфин России в Письме от 25.11.2014 N 03-07-09/59838.

При реализации товаров (выполнении работ, оказании услуг), передаче имущественных прав лицами, освобожденными от обязанностей налогоплательщика по ст. 145 НК РФ, счет-фактура заполняется в общем порядке с учетом следующей особенности: налог выделять не нужно. Поэтому в графах 7 "Налоговая ставка" и 8 "Сумма налога, предъявляемая покупателю" счета-фактуры надо сделать отметку "Без налога (НДС)" (п. 5 ст. 168 НК РФ, пп. "ж", "з" п. 2 Правил заполнения счета-фактуры).

Аналогичным образом заполняют счет-фактуру и участники проекта "Сколково", получившие освобождение от НДС в порядке ст. 145.1 НК РФ (Письмо Минфина России от 12.09.2012 N 03-07-09/129).

Порядок составления счетов-фактур по операциям, освобожденным от НДС по ст. 149 НК РФ, в Правилах заполнения счета-фактуры не определен. Поэтому если вы все же решили выставлять счета-фактуры по таким операциям, то, по нашему мнению, составлять их нужно в рассмотренном выше порядке.

Если в указанных случаях налог вы все-таки выделите, то придется уплатить его в бюджет (п. 5 ст. 173 НК РФ). В такой ситуации не имеет значения, включили вы фактически НДС в цену или нет. Доказать, что НДС выделен в счете-фактуре ошибочно, будет сложно.

Правоприменительную практику по вопросу о том, обязаны ли лица, освобожденные от уплаты НДС, уплачивать налог в бюджет в случае выставления счета-фактуры с выделением суммы налога, см. в Энциклопедии спорных ситуаций по НДС.