Основные проблемы мониторинга можно условно разделить на четыре группы: финансовые, технические, организационные и информационные

Финансовые проблемы объясняются общим состоянием экономики и степенью готовности общества и государственного аппарата осознать необходимость и важность проблемы.

Технические проблемы – необходимость создания точных, удобных и дешевых приборов контроля отдельных параметров окружающей среды, объединения этих приборов в комплексы.

Организационны е – преодоление сохраняющейся ведомственной разобщенности, создание стройной организационной системы подразделений, включающей все заинтересованные организации, распределение полномочий и ответственности.

Информационные проблемы включают процессы получения, обработки и передачи информации от множества источников в один или несколько центров для анализа, учета и принятия мер. Весьма важно создание информационно-аналитических центров мониторинга в регионах, где состояние среды может внезапно и резко изменяться. Отдельно можно выделить проблему математического компьютерного моделирования состояния среды и прогнозов ее развития.

Все четыре проблемы взаимосвязаны, но и внутри отдельных проблем есть свои сложности.